Reverz komplementer készítésekor két művelet történik: a bázisokat a párjukra cseréled, és a sorrendet megfordítod. Az eredmény mellé ugyanúgy írd oda az 5′ és 3′ irányt, mint a bemenethez. Ezzel elkerülhető, hogy egy jó betűcsere hibás irányú szekvenciaként kerüljön tovább.
Egy rövid szekvencia lépésenként
Legyen a kiinduló szál 5′-ATGCCA-3′. A vele párban álló komplementer szál ugyanebben a térbeli sorrendben 3′-TACGGT-5′. Ha ezt is 5′→3′ irányban akarod leírni, a betűk sorrendjét megfordítod: 5′-TGGCAT-3′.
A TGGCAT tehát a reverz komplementer. A TACGGT pusztán a betűnkénti komplementálás eredménye a kiinduló sorrendben. Az irányjelölések nélkül a két megadás könnyen összekeverhető.
Hogyan ellenőrizhető a művelet?
A reverz komplementer reverz komplementere visszaadja az eredeti szekvenciát. A hossznak közben változatlannak kell maradnia. Az A és T darabszáma felcserélődik, ugyanígy a C és G darabszáma is.
A GC-arány emiatt változatlan: a guanin és citozin összesített száma ugyanannyi marad. Ez hasznos második ellenőrzés, de önmagában nem bizonyítja a teljes sorrend helyességét. Több eltérő szekvenciának lehet azonos GC-aránya.
Hiányzó és különleges jelölések
A bemenetben található szóközök, sorszámok vagy ismeretlen bázisjelölések kezelését ellenőrizni kell. Az N meghatározatlan bázist jelöl; ettől a szekvencia adott pozíciójának bizonytalansága megmarad. Más IUPAC-jelekhez külön komplementerpárok tartoznak, ezért egy csak A, C, G, T betűkre írt szabályt nem lehet változtatás nélkül minden bemenetre alkalmazni. Az eszköz dokumentációja döntse el, mely jeleket fogadja el, és az elutasított karaktert ne cseréld önkényesen A-ra vagy más bázisra.
A kalkulátor használatakor őrizd meg az eredeti irányt és szekvenciát. A művelet a betűsor kapcsolatát ellenőrzi; ebből önmagában nem következik biológiai funkció vagy genetikai értékelés.
Lehet helyes a változatlan eredmény?
Nézd meg az 5′-GAATTC-3′ szemléltető szekvenciát. A párja azonos térbeli sorrendben 3′-CTTAAG-5′, amelyet megfordítva ismét 5′-GAATTC-3′ alakban írsz le. A változatlan betűsor ebben az esetben helyes. Hat bázisból kettő G vagy C, így a GC-arány 2/6 × 100 ≈ 33,33%, és ez természetesen a reverz komplementernél is ugyanannyi.
Az ellenőrzéshez végig kell követned a konkrét pozíciókat. Az eredeti ATGCCA helyes reverz komplementere TGGCAT, de például a hibás GCGTTA jelölt is hat betűből áll és 50%-os GC-arányú. A hossz és a GC-arány jó kiegészítő próba, a sorrend teljes ellenőrzését nem helyettesíti. A kalkulátorból kapott szekvenciát az irányjelöléssel együtt hasonlítsd össze a lépésenként felírt eredménnyel.
Kapcsolódó DG Kalkulátor megnyitása
Forrás és módszertani háttér
A számpéldák saját szemléltető számítások.
Háromkérdéses tudáspróba
Válassz kérdésenként egy választ, és jegyezd fel az A, B vagy C betűt. Előbb oldd meg mindhárom feladatot, utána nézd meg a megoldásokat.
1. Mi az 5′-ATG-3′ reverz komplementere 5′→3′ alakban?
- A) GTA
- B) TAC
- C) CAT
2. Kétszer alkalmazva a reverz komplementálást mit kapunk?
- A) Az eredeti szekvenciát
- B) Mindig üres szöveget
- C) Csupa A-t
3. Az 5′-GAATTC-3′ szekvenciára a program ugyanazt a betűsort adja reverz komplementerként, 5′→3′ irányban. Melyik következtetés helyes?
- A) Ez helyes lehet: a komplementálás és megfordítás itt ugyanazt a sort adja
- B) A program biztosan kihagyta a számítást
- C) Bármely hatbetűs DNS-szekvencia változatlan marad
Megoldások és önálló pontozás
Minden helyes válasz 1 pont; a hibás vagy kihagyott válasz 0 pont. Legfeljebb 3 pont szerezhető. 3 pont: A bázispárosítást és az irányfordítást együtt alkalmaztad, majd a sorrendből ellenőrizted az eredményt. 2 pont: nézd át az eltévesztett kérdésnél megnevezett részt, és számold újra annak példáját. 0–1 pont: haladj végig a három megoldáson, majd oldd meg újra a kérdéseket. Ez a rövid próba a cikk összefüggéseinek megértését ellenőrzi.
1. megoldás
C) CAT – Előbb TAC a komplementer ellentétes iránnyal, megfordítva CAT. Ha más választ adtál vagy kihagytad, ezt a részt ismételd át: Egy rövid szekvencia lépésenként.
2. megoldás
A) Az eredeti szekvenciát – A komplementálás és az irányfordítás együttesen visszafordítható. Ha más választ adtál vagy kihagytad, ezt a részt ismételd át: Hogyan ellenőrizhető a művelet?.
3. megoldás
A) Ez helyes lehet: a komplementálás és megfordítás itt ugyanazt a sort adja – A komplementer CTTAAG 3′→5′ irányú; megfordítva GAATTC adódik. Az egyezés ebből a konkrét sorrendből következik, és más hatbetűs szekvenciákra nem általánosítható. Ha más választ adtál vagy kihagytad, ezt a részt ismételd át: Lehet helyes a változatlan eredmény?.