Kodonfordítás előtt négy adatot tisztázz: milyen szálat kaptál, melyik irányban írták le, honnan indul a hármas csoportosítás, és melyik genetikai kódtábla érvényes. Ha ezek közül valamelyik hiányzik, többféle számított fordítás is lehetséges.
Három lehetséges kezdőpont
Vegyük az 5′-ATGGAACTGTAA-3′ DNS-sorozatot kódoló szálként, a standard genetikai kódot feltételezve. Az első bázistól ATG–GAA–CTG–TAA csoportok adódnak. RNS-átírásban U kerül T helyére: AUG–GAA–CUG–UAA. Ez Met–Glu–Leu–STOP leírást ad a tanpéldában.
A második bázistól TGG–AAC–TGT és két megmaradó betű olvasható. A harmadiktól GGA–ACT–GTA és egy maradék betű. A maradék egy vagy két nukleotid nem alkot teljes kodont; az eszköznek ezt külön kell kezelnie.
Melyik szálat fordítjuk?
Az előző példában kifejezetten kódoló DNS-szálat adtunk meg. Templátszálnál a komplementer kapcsolatot és az irányt is rendezni kell, mielőtt RNS-kodonokra bontunk. Az ismeretlen eredetű betűsor egyszerű T→U cseréje ezért nem minden esetben elegendő.
A standard kód stopkodonjai a fordítás lezárását jelölik. A STOP jelölést ezért az aminosavak darabszámába nem számítjuk bele. A program beállításától függően a megjelenítés megállhat az első stopnál, vagy jelölheti a további kodonokat is. Ezt az eredmény olvasásakor ellenőrizd.
A betűsor és a biológiai jelentés
Egy lehetséges aminosavsor kiszámítása nem bizonyítja, hogy a szekvencia valóban fehérjét kódol, vagy hogy a választott keret a biológiailag használt. Eltérő genetikai kódtáblák is léteznek. A kalkulátorban dokumentáld a száltípust, az irányt, az olvasási keretet és a kódtáblát. Így a kapott sorozat megismételhető számítás eredménye marad.
Ugyanaz a példa templátszálból indulva
Legyen most a megadott DNS templátszál 5′-TTACAGTTCCAT-3′. A kódoló szál 5′→3′ alakjához ennek reverz komplementerét képezzük: 5′-ATGGAACTGTAA-3′. Az ehhez tartozó RNS-sor 5′-AUGGAACUGUAA-3′. Az első bázistól csoportosítva AUG, GAA, CUG, UAA a négy teljes kodon; a standard kóddal Met, Glu, Leu, STOP az eredmény.
Ebben a számításban négy teljes kodonhoz három aminosav tartozik, mert az utolsó lezárást jelöl. A templátszál egyszerű T→U cseréje UUACAGUUCCAU sort adna, tehát más tripleteket olvasnál. Mielőtt a kalkulátorban keretet váltasz, először a szál és az irány helyességét ellenőrizd. A példában nincs intron vagy további feldolgozási lépés; egy ismeretlen eredetű genomi részletre ezeket a feltételeket külön kell tisztázni.
Kapcsolódó DG Kalkulátor megnyitása
Forrás és módszertani háttér
A számpéldák saját szemléltető számítások.
Háromkérdéses tudáspróba
Válassz kérdésenként egy választ, és jegyezd fel az A, B vagy C betűt. Előbb oldd meg mindhárom feladatot, utána nézd meg a megoldásokat.
1. Hány teljes kodon fér 11 nukleotidba az elsőtől kezdve?
- A) 4
- B) 3
- C) 11
2. A kódoló DNS T betűje az RNS-ben mire cserélődik?
- A) A-ra
- B) C-re
- C) U-ra
3. A kódoló szál első bázisától kapott RNS-kodonok AUG–GAA–CUG–UAA. Hány aminosavat jelöl ez a standard kódban, az első stopig fordítva?
- A) Négyet
- B) Hármat
- C) Kettőt
Megoldások és önálló pontozás
Minden helyes válasz 1 pont; a hibás vagy kihagyott válasz 0 pont. Legfeljebb 3 pont szerezhető. 3 pont: Megadtad a szál és a keret szerepét, és a stopkodont helyesen külön kezelted az aminosavaktól. 2 pont: nézd át az eltévesztett kérdésnél megnevezett részt, és számold újra annak példáját. 0–1 pont: haladj végig a három megoldáson, majd oldd meg újra a kérdéseket. Ez a rövid próba a cikk összefüggéseinek megértését ellenőrzi.
1. megoldás
B) 3 – Három triplet és két maradék nukleotid adódik. Ha más választ adtál vagy kihagytad, ezt a részt ismételd át: Három lehetséges kezdőpont.
2. megoldás
C) U-ra – A kódoló szálhoz viszonyítva az RNS-ben uracil szerepel timin helyett. Ha más választ adtál vagy kihagytad, ezt a részt ismételd át: Melyik szálat fordítjuk?.
3. megoldás
B) Hármat – Az AUG, GAA és CUG három aminosavat jelöl, az UAA lezáró stopkodon. A négy a teljes kodonok száma; a stopot külön kell kezelni az aminosavszámtól. Ha más választ adtál vagy kihagytad, ezt a részt ismételd át: Ugyanaz a példa templátszálból indulva.